SD Gundam มุชะมารุ เป็นกันดั้มที่มีเนื้อเรื่องต่างออกไปจากภาคก่อนๆ เป็นผลงานของ อ. มาซาโต อิชิกิ เนื้อเรื่องเริ่มจากที่ หน้ากากเหล็กนักเล่นเเร่แปรธาตุ ต้องการครอบครองโลกด้วยพลังความมืดจากที่ได้ไปเปิดประตูเเห่งการตัดสิน ที่สามารถควบคุมมิติเเละเวลาได้ โดยการเรียกเหล่าตัวร้ายในอดีตของอาร์ค มาเเล้วควบคุมเพื่อบุกยึด เเต่หน้ากากเหล็กกลับไม่สามารถควบคุมมาจินกันดั้มได้ เลยโดนจัดการเเละยึดอำนาจ เหล่ากองทัพจากความมืดได้บุกอาณาจักรอาร์ค เเต่ก็มีเหล่ามุชะกันดั้มออกมาต่อต้าน โดยหน่วยลาดตระเวรเป็นเเกนนำ ประกอปด้วย มุชะมารุ โยโรยมารุ โทคิมารุ 3 คน ได้บุกไปถึงประตูเเห่งการตัดสิน เเต่กลับพบว่า มาจินกันดั้ม ได้ใช้เหล่าผู้กล้าในอตีตของอาร์ค ไม่ว่าจะเป็นก๊อดมารุ มุชะโรด หรืออื่นๆได้ถูกผนึกไว้จากการที่ถูกเรียกมาจากอดีตเพื่อทำการล้างสมอง เเละมาจินกันดั้มต้องการนำไปยังประเทศเเห่งเปกาซัสเพื่อค้นหาพลังลึกลับอันมหาศาลหลับอยู่ เมื่อเหล่าหน่วยลาดตระเวรรู้อย่างนั้นจึงได้ทำการต่อสู้กับมาจิน จนผนึกของเหล่ามุชะที่ถูกจับมานั้นเเตกออก เมื่อเห็นท่าไม่ดี มาจินกันดั้มจึงรีบเปิดระบบย้ายมิติหนีไปยังประเทศเปกาซัส ซึ่งก็ได้นำทุกคนที่อยู่ที่นั้นไปยังประเทศเปกาซัสหมด (ประเทศเปกาซัสก็คือประเทศญี่ปุ่น) เมื่อประตูมิติเปิดออก มุชะมารุที่พลัดหลงออกมาได้พบสึสึมุเด็กหนุ่ม ที่เป็นเจ้าของร้านรถเข็นทาโกะยากิ เเละได้เข้าไปอาศัยอยู่ด้วยกัน หลักจากนั้น 1 ปี กองทัพเเห่งความมืดเริ่มปรากฏตัวรุกรานตามที่ต่างๆ มุชะมารุได้ตามหาพวกพ้องกันดั้มที่ได้ข้ามมิติ มายังที่นี่ ได้โดยเริ่มจากโทคิมารุ ที่ได้มาเข้าสังกัดของกรมตำรวจ อาศัยอยู่กับชินยะลูกชายนายตำรวจในกรม แต่เมื่อตามหาโยโรยมารุพบ กลับพบว่าเจ้าตัวได้ก่อสร้างร่างตัวจนร่ำรวยเป็นประธาน ไกโอกรุ๊ป เเละมีเกรดมารุกันดั้ม เป็นนักร้องในสังกัด จนไม่อยากกลับไปสู่สงคราม เเต่เมื่อมีภัยมา เกรดมารุได้ปกป้องโยโรยมารุ จนตายไป ทำให้โยโรยมารุมีความกล้าที่จะกลับมาสู้อีกครั้ง ซึ่งที่จริงนั้นเกรดมารุเเค่ถูกจับไปล้างสมองเท่านั้น ซึ่งเหล่ามุชะก็ได้ช่วยกลับออกมาในภายหลังเเละได้เกิดใหม่ในชื่อ โทโอกันดั้ม เเต่กองทัพเเห่งความมืดก็ไม่นิ่งดูดายส่งเหล่าตัวร้ายกาจกว่าเดิมออกมาเรื่อยๆ จนทำให้โทคิมารุต้องสละชีวิตระเบิดพลังทำลายตัวเอง เเต่ก็ได้ชินยะ ช่วยไว้ทำให้กลับมาเเข็งเเกร่งกว่าเดิมในชื่อของคิโอกันดั้ม รวมถึงมุชะมารุที่ได้รับพลังจากบุโอมาทำให้เเข็งเเกร่งขึ้นเป็น บุโอกันดั้ม เเต่สุดท้ายมาจินกันดั้มก็ได้พลังเเห่งประเทศเปกาซัสไปเเละได้เรียกประตูเเห่งการตัดสินมายังประเทศเปกาซัส ทำให้เหล่ามุชะทั้งหมดรวมพลังกันต่อสู้กันที่ภูเขาไฟฟูจิ ซึ่งที่นี่โยโรยมารุได้พาวเวอร์อัพเกราะหุ่นของตัวเองเป็นไกโอกันดั้มที่สามารถบินไปถึงอวกาศ เเละเป็นตัวหลักที่ช่วยทำให้สามารถบุกไปยังประตูเเห่งการตัดสินได้ จนมุชะมารุได้สู้กับมาจินกันดั้ม เมื่อจบศึกเหล่ามุชะได้เดินทางกลับอาร์คทางประตูมิติ เเต่สุดท้ายเเล้วกับพบว่าประตูมิตินั้นได้เปิดเชื่อมต่อกัน จนทำให้เหล่ามุชะสามารถเดินทางไปมาระหว่าง ประเทศเปกาซัสเเละอาร์คได้
SD Gundam มุชะมารุ 2 เป็นเรื่องราวหลังจากจบศึกภาคเเรก เมื่อเหล่ามุชะได้มาอาศัยอยู่บนประเทศมากขึ้น จนทำให้เกิดกีฬาชนิดนึงขึ้น คือ มุชะเเบทเทิล คล้ายๆกับงานกีฬาสี ที่นำมุชะมาเเข่งขันกัน เด็กหนุ่มคาสึมิน ญาติของซึซึมุ พระเอกในภาคเเรก นั้นมีงานอดิเรกเป็นซัพพอตเตอร์คอยเชียร์ เเซคเคโร่ อีสเตอร์ ทีมที่แพ้บ่อยจนกลายเป็นเรื่องปกติ จนในสุดท้ายที่ระหว่างกลุ้มใจนั้น ซึซึมุได้พบกับวาคะมารุ ที่เดินทางมาฝึกฝนตัวเองที่ประเทศเปกาซัส ซึ่งวาคะมารุ นั้นเป็นว่าทีไดโชกุนคนต่อไปเพราะเป็นบุตรของไดโชกุนคนปัจจุบัน ซึ่งซึซึมุก็ได้พาวาคะมารุเข้าร่วมทีมแข่งขัน เเต่การเเข่งขันก็ไม่ได้ราบรื่นเสมอไป เพราะมุชะเเบทเทิลเป็นกีฬาที่ผิดกฎหมาย จึงต้องคอยหนีตำรวจอยู่บ่อยๆ ซึ่งในกรมตำรวจก็มีมุชะที่สังกัดอยู่ คือ ไบร์กันดั้ม ที่คอยตามจับเหล่ามุชะเเบทเทิล เป็นหน้าที่หลัก เเต่จริงๆเเล้วไบร์นั้นเป็น พวกอุระกันดั้ม ที่มีเกราะอีกา เมื่อสวมเกราะเเล้วจะกลายร่างเป็น บุไรมารุ ที่มีหน้าที่เป็นองค์รักษ์ของวาคะมารุ เเต่เจ้าตัวยังไม่ยอมรับในหน้าที่นี้ เเต่สุดท้ายก็เปิดใจยอมรับจากความน่ารักเป็นกันเองของวาคะมารุ รวมถึงฮัทจัง สาวกของจิโบริวที่มีวิชาประหลาดเเนวนักพรตที่สามารถใช้เวทมนต์ต่างๆได้ มาเป็นผู้คุ้มกัน วาคะมารุ ในระหว่างที่ทั้ง 3 คนอยู่ในประเทศเปกาซัสนั้นก็ไม่ได้ง่ายดายนักเพราะมีกลุ่มฮันเตอร์ นักรบกันดั้มที่มีฝีมือร้ายกาจต้องการชีวิตวาคะมารุอยู่ตลอดเพื่อจุดประสงค์บางอย่าง เมื่อเรื่องร้ายเเรงขึ้นเหล่าอาจารย์กันดั้ม คุณโก เเละ คุณเกคิ กันดั้มจึง จับเหล่ามุชะมาฝึกฝน จนวาคะมารุได้รับเกราะคาบุโตะที่เป็นเกราะในตำนาน รวมถึง บุไรมารุที่ได้พาวเวอร์อัพเป็น คอบบร้ามารุ เเละ ฮัทจังก็ได้พาวเวอร์อัพเป็น เซโร่ ฮาคิโยชิ เพื่อต่อกรกับเหล่าฮันเตอร์กันดั้มที่เริ่มมาโจมตีหนักขึ้น เพื่อที่จะหวังครอบครองอาร์ค เพื่อจุดประสงค์ในการต่อสู้กับเหล่าไฮบริดกันดั้ม แต่สุดท้ายเเล้วเหล่าฮันเตอร์ก็ยอมสยบต่อวาคะมารุ เหลือแต่คุณโก อดีต ฮันเตอร์ที่เคยหมายปองชีวิตวาคะมารุในอดีตที่ยังไม่ยอมรับจึงกลายเป็นบททดสอบสุดท้ายของวาคะมารุว่าตัวเองนั้นได้เหมาะสมกับการที่จะเป็นไดโชกุนคนต่อไปหรือไม่
SD Gundam มุชะมารุ ภาค 3 เรื่องราวที่เหล่าตัวเอก จากทั้ง 3 ภาคมารวมตัวกัน เนื้อเรื่องเริ่มต่อจากภาค 2 ที่ เหล่าไฮบริท ได้ทิ้งไข่ ไฮบริท บาคิมารุ เอาไว้ เมื่อไข่ได้ฟักออก บาคิมารุได้พบกับมาซากิ พร้อมกับที่ มาซากิได้กินเมล็ดหน่วยความจำข้อมูลของบาคิมารุไปเลยทำให้ บาคิมารุจำอะไรไม่ได้นอกจากที่จะโค่นไดโชกุนอย่างเดียว เมื่อบุชิมารุได้เข้ามาพบเหตุการ์ณนี้เข้าจึงขอเข้าทำการตรวจสอบว่าเป็นไฮบริทหรือเปล่า แต่ก็สู้บาคิมารุไม่ได้ เมื่อเหล่าไฮบริททราบเรื่องจึงส่งคนมารับ บาคิมารุ แต่บาคิมารุปฎิเสธการกลับไปเพราะอยากทำอะไรตามใจตัวเองเลยทำให้เป็นศัตรูกับเหล่าไฮบริท หลังสู้จบบาคิมารุก็เผลอตัวถูก บุชิมารุจับส่งกลับไปที่อาร์ค เมื่อกลับมาเเล้วได้พบว่า ที่อาร์คถูกเหล่าไฮบริทโจมตีอย่างหลัก เเละพบว่าฐานทัพศัตรูอยู่ที่ภูเขาอานาฮามส์ เลยได้เดินทางไปต่อสู้กับ ที่นั่น บุชิมารุได้รับพลังใหม่จากดาบของตระกูล เเละได้เพื่อนร่วมทางเพิ่มเป็นทหารหุ่นเหล็กบริคิมารุ เเละชินโซมารุ เเล้วได้เดินทางต่อมายัง กวอเด้นเวิร์ค ที่เป็นสถานที่ วิจัยเกราะเเละพัฒนาอาวุธ เเต่พวกไฮบริทก็ได้ตามมาโจมตีที่นี่ ทำให้บริคิมารุได้รับอาวุธใหม่ เพื่อจัดการเหล่าไฮบริทและยังได้พบกับบุโอ (สัตว์ที่เป็นเกราะของมุชะมารุ) ใช้เดินทางเป็นพาหนะ ในระหว่างทาง บาคิได้ปะทะกับพวกไฮบริทเป็นระยะ จนทำให้รู้ว่า จริงๆเเล้วตัวเอง เป็น 1 ใน 3 ของผู้นำของเหล่าไฮบริท ที่เป็นตัวสีเเดง เเละยังมี สีฟ้ากับสีทอง อีก 2 คน จนเดินทางมาถึงโรงงานผลิตชุดเกราะที่ทำการวิจัยเกราะต่างเเละผลิตชุดเกราะให้กับเหล่ามุชะ ที่นี่ บาคิมารุได้พบกับเพื่อนใหม่ เกคิโคเท็นมารุ , บาคุโคเท็นมารุ 2 พี่น้องนักรบ นักทำอาหารจากเอมบรัม เข้าร่วมต่อสู้พร้อมกับโดสึคังมารุ นายช่างใหญ่ประจำสถานีนี้ เพื่อจัดการกับพวกไฮบริทที่มาขโมยเกราะในตำนาน เเต่สุดท้ายคนที่แอบเอาไปกลับเป็น มุชะมารุ กันดั้ม ที่น้อยใจบุโอ ที่ไม่ยอมเชื่อฟังคำสั่ง ซึ่งที่มุชะมารุขโมยไปก็เพื่อที่จะเอาเกราะนี้เเปลงร่างเป็นมุขะมารุฮิโชกุน ที่เป็นเกราะที่มีพลังเทียบเท่าไดโชกุนมาต่อสู้กับเหล่าไฮบริทเพื่อกอบกู้ชื่อเสียงตัวเองที่ไม่สามารถปกป้องปราสาทฮอนคาวะตอนที่ไฮบริทโจมตี (เเต่จริงๆเจ้าตัวอ่ะเเหละลงมือหนักไปหน่อยเลยพังหมด = =") เมื่อเดินทางมาถึงปราสาทเรสึเทนั้นกลับพบว่าปราสาทนั้นว่างเปล่า พบเเต่พ่อบ้านของปราสาท ซึ่งจริงๆเเล้วพ่อบ้านของปราสาทได้ทรยศแปรพักไปเข้ากับพวกไฮบริทเเละจับตัววาคะมารุไปขังอยู่ใต้ดิน เเต่ได้ ไคจูมารุ บุตรไดโชกุนองค์ปัจจุบัน ผู้เป็นพี่ชายของวาคะมารุ ที่ตอนเด็กไดโชกุนได้ส่งให้เผ่ามารุจูอิคะเป็นตัวประกันเพื่อเเลกเปลี่ยนกับสันติภาพ เข้าช่วยเหลือ เเละปกป้องปราสาทเรสึเทไว้ได้ ด้วยการที่ วาคะมารุ มุชะมารุ เเละ บาคิมารุ รวมพลังกัน เเปลงร่างเป็น ทรินิตี้ไดโชกุน ซึ่งเมื่อบาคิมารุได้มาอยู่กับเหล่ามุชะเเล้วทางไดโชกุนจึงได้ไหว้วานให้เหล่า จิโบริว ทำการทดสอบ บาคิมารุว่าเป็นมิตรจริงหรือไม่ โดยไหว้วานฮาริมารุ พาไปทำการทดสอบ และก็ผ่านมาได้อย่างสวยงาม จนเมื่อเหล่ามุชะได้ทราบเเล้วว่าฐานทัพใหญ่ของเหล่าไฮบริทนั้นอยู่ที่เดสมูน จึงได้รวมกำลังกันขึ้นจรวดของไกโอกรุ๊ฟ เข้าต่อสู้กับเหล่าปริ๊น ไฮบริท โดยมีเปี๊ยกคุชินมารุไดโชกุน เป็นผู้นำ
